なぜか X 関係でビルドできないとき

lighttpd 1.4.24 以降や現在の SVN head で autogen.sh を走らせてからビルドしようとするとなぜか X 関係のエラーが出て make が失敗するということがありますがそういうときは、

cp `which libtool` .

とかすると make とおるようになります。それ以上追ってないけど。なんでだろ?