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KeyRemap4MacBook に remap.app_term_commandL2optionL という設定があって、これを使うと Terminal.app でのみ左コマンドキーと左オプションキーを入れ替える左コマンドキーを左オプションキーにすることができる。

これを iTerm でも使いたかったので設定を追加しようと思ってソースを見てたら実はこのオプションは iTerm でも効くようにつくられているのだが、そのアプリケーション名の指定が間違っているだけだということがわかった。

diff --git a/src/core/server/server.cpp b/src/core/server/server.cpp
index d4695fe..40d1715 100644
--- a/src/core/server/server.cpp
+++ b/src/core/server/server.cpp
@@ -206,7 +206,7 @@ KeyRemap4MacBook_server::Server::do_ActiveApplicationInfo(KeyRemap4MacBook_bridg
     reply->is_vi = true;
   }
   if (strcmp(applicationName, "com.apple.Terminal") == 0 ||
-      strcmp(applicationName, "iTerm") == 0) {
+      strcmp(applicationName, "net.sourceforge.iTerm") == 0) {
     reply->is_terminal = true;
   }
   if (strcmp(applicationName, "com.vmware.fusion") == 0 ||

としてやるだけで、iTerm でもつかえるようになった。めでたし。